《机动战士高达UC RE:0096》是以OVA动画《机动战士高达UC》全7章作品再编辑制作而成的动画，2016年4月3日开播。

U.C. 0001——

开始移民前往宇宙的新时代。

举行从西历转为宇宙世纪（Universal Century : U.C.）的改历仪式的地球联邦政府首相官邸--太空站「拉普拉斯」，因爆炸恐怖攻击粉碎四散。

因为出身贫困而参与恐怖攻击事件的青年--赛亚姆，被卷入拉普拉斯的爆炸后，在残骸中发现了某样东西。

那就是后来被称为「拉普拉斯之盒」的禁忌盒子。

U.C.0096-——

「夏亚的叛乱」三年后的世界，经过一年战争后的战乱不断，现今表面上看似已恢复平静。

巴纳吉･林克斯是一名居住在工业殖民卫星（工业七号）的少年，他偶然地邂逅了自称奥黛莉･伯恩的神秘少女。为了避免毕斯特财团与新吉翁残党军「带袖的」交易「拉普拉斯之盒」，奥黛莉打算独自阻止此事。巴纳吉也下定决心全力帮助她。然而地球联邦军也为了阻止这场交易潜入该地，更和「带袖的」爆发了战斗，导致这座殖民地化为了战场。就在巴纳吉穿梭于战火中努力找寻奥黛莉下落之际，宛如命中注定一般，他邂逅了「拉普拉斯之盒」的「钥匙」——纯白MS「独角兽高达」。

「拉普拉斯之盒」是什么？

此｢盒子」所隐藏的秘密又为何？

现在、宇宙世纪百年的诅咒即将被解开。