『遊☆戯☆王』のテレビアニメ第2作。原作のカードゲームを再現したトレカ商品が大人気を呼んだことをきっかけに再アニメ化されたシリーズであり、ホビー『遊☆戯☆王オフィシャルカードゲーム』とタイアップしている。1998年にテレビ朝日系で放送された『遊☆戯☆王 (アニメ第1作)』と関連性はない。元々『遊☆戯☆王』は、主人公・武藤遊戯が様々なゲームを駆使して世の中の悪を倒すという物語であり、劇中のカードゲームはそのうちの一種類に過ぎなかったが、原作及びコナミによって商品化された当カードゲームの実商品の人気が高まり、テレビ東京系列で再アニメ化の運びとなった。現在公式に「アニメ遊☆戯☆王シリーズ」といえば主に本作以降のことをいう。