アニメ作品『遊☆戯☆王デュエルモンスターズ』の世界観を継承した『遊☆戯☆王』の新シリーズ。原作漫画『遊☆戯☆王』の連載終了後に制作された完全オリジナル作品である。ホビー『遊☆戯☆王オフィシャルカードゲーム』とタイアップしている。 主人公は原作の武藤遊戯から遊城十代に変更、基本設定も一新された。ただし舞台は『遊☆戯☆王デュエルモンスターズ』と同世界であり、前作の登場人物も数名登場している。

主人公・遊城十代（ゆうき・じゅうだい）は、デュエル・アカデミア実技試験会場に向かう途中で伝説のデュエリスト・武藤遊戯と出会う。彼から「ハネクリボー」のカードを譲り受けたことから強い憧れを抱いていく。彼の様なデュエリストになるために、E・HERO（エレメンタルヒーロー）を駆使しながらデュエルを繰り広げる。

本作は、孤島に設立された寄宿制のデュエリスト養成学校デュエル・アカデミアという学園を舞台に、学生達が一流のデュエリスト目指して切磋琢磨していく物語である。