新学期。美墨なぎさと雪城ほのかもいよいよベローネ 学院女子中等部の最上級生。

メップルとミップル、ポルンは眠りにつき、ふたりは 普通の女の子として、部活や勉強に大忙しの学校生活 を送っていた。

そのころ「光の園」では、ジャアクキングとの戦いで 傷ついたクイーンが分裂し、どこかへ消え去ってしま った。時を同じくして、撃退されたはずの邪悪な闇の力「ザケンナー」がなぎさとほのかを襲う！

バージョンアップした「コミューン」にハートのカードを差し込むと、再びふたりはプリキュ アに変身！しかも前より断然パワーアップしてる！？

記憶を失い、姿形も変わってしまったクイーンを元に戻すため、なぎさとほのか、パワーアッ プして目覚めたメップルやミップル、ポルンたちが、不思議な少女・九条ひかりと共に、未来 を信じて、今、立ち上がる！！

はたしてプリキュアはクイーンを元の姿にもどすことができるのか！？