故事分为两条剧情线： 里昂线（Leon Scott Kennedy）和克蕾儿线（Claire Redfield）。
      依照破关的先后顺序，故事会有少许不同，但是大体故事构架是一样的。
      1998年9月29日，新人警官里昂（Leon Scott Kennedy）来到拉昆市（Raccoon City）警察局上任。但是，在进入市区以后却遭遇了被T病毒（T-Virus）感染的丧尸。 同一时刻，S.T.A.R.S.队员克里斯（Chris Redfield）的妹妹克莱儿（Claire Redfield），为了寻找失去音讯的哥哥也来到了拉昆市，并且也遭遇了僵尸，正是因此，两人阴错阳差的相遇了。相遇后，两人计划结伴去拉昆市警察局（S.T.A.R.S.小队的办公室位于警察局2楼），但在路途中却遭遇了车祸，两人被爆炸的油罐车所引燃的火灾分开了。两人在火焰的两边约定：各自找到去警察局的路，然后在那里碰头，于是，游戏的双剧情线由此展开……