トアル村に暮らす牧童のリンクは、ある日、村で唯一の剣士モイにハイラル城に献上品を届ける大役に推薦される。次の日、イタズラ好きのサルを追いかけていった村の少年タロが魔物に捕まってしまったことを知ったリンクは、愛馬エポナに乗り魔物を倒してタロとサルを救出することに成功するが、その時にエポナに怪我をさせてしまう。 さらに次の日、ハイラル城に献上品を届けに行く直前に幼馴染の少女イリアにエポナに怪我をさせたことをひどく怒られてしまう。イリアに謝りに泉へ行くと突然魔物に襲われ、イリアと村の子供達がさらわれてしまう。イリア達を助けるために魔物を追いかけていったリンクはトワイライトと呼ばれる世界へ足を踏み入れた事で狼に変身してしまい、そのまま気を失う。目覚めた時には、どこかの牢屋に幽閉されていた。すると目の前に「ミドナ」と名乗る魔物が現れる。