謎めいたガミラスの青年キーマンに誘われて、月面のガミラス大使館で大使のバレルと面会した古代は、惑星テレザートとテレサの物語を聞かされる。そして地球に戻った古代は〈コスモリバースシステム〉が地球にもたらした負の遺産の存在を知らされるのだった。改めて地球政府の方針に憤る古代は、自分たちに送られてきたテレサのメッセージに応えるべきと防衛軍の上層部に掛け合うが、ヤマト発進の許可を得ることはできなかった……。海底ドックに眠る宇宙戦艦ヤマトの前に、あのメッセージを受けたヤマトクルーが集う。古代は彼らと共に、"反逆"とも取られかねぬ独断での出航を決意するのだった。いま再び、宇宙戦艦ヤマトが発進する。行く手に待ち受けるのは最新鋭戦艦のアンドロメダ。一方そのころ、太陽圏に侵攻したガトランティス先遣部隊が、第十一番惑星に迫っていた――。