遥かなる未来…あるいは、遠い過去のことかもしれない。他の銀河にまで進出し、数多の植民惑星を開拓した人類であったが、異星文明との共存もついに果たせず孤独であった。いつしか衰退し始めその勢力を失いつつあった人類は、発祥の地である地球への帰還を望むようになった。

しかし、宇宙に広がった人口は5000億を超え、地球に住める数は限られていたため、地球居住権を巡る争いは血みどろの大戦に発展。それは「カム・ホーム戦争」と呼ばれた。

人類はこの戦争を調停する為、「ガイア・サンクション」という統治機構を生み出し、地球は【永遠の聖地として、何人たりとも立ちいる事は許されない】聖域となり封印された。

前に進む意欲もなく、帰れぬ故郷を遠くに仰ぎ見ながら、緩やかな”滅び”に身を浸す日々。今、人類は後悔の時代を生きていた。

そんな時代に反抗し、宇宙の深淵を旅し続ける男がひとり。不滅の肉体を持ち、100年の長きに渡って連合艦への襲撃を繰り返す海賊。広域指名手配S-00999。その男の名はハーロック。