海と山に挟まれ坂道が多い、どこか懐かしさを感じさせる町、御碕町（みさきちょう）。
その港町で、ごく普通の青春をおくっていた少年ライカ。
彼は幼馴染みで巫女のイブキやメイドのユリと一緒に、姫守学園（ひまもりがくえん）で明るい学園生活を楽しんでいた。　………はずだったが!?

彼の父親、凍仁はなんと “魔女っ娘” だったのである。
おまけに、学園のどこかに隠されているという魔法の宝石・魔晶石（マナプリズム）を狙って、謎の魔女っ娘たちが攻め込んできてて、もう大変!!
しかも、父親の跡をついで、ライカは男の子なのに魔女っ娘となるハメに！
僕は女装なんてしたくないのに！　明るい青春カムバーック！

ライカは変霊晶柱（マージプリズム）を使って、火炎の魔女っ娘クリムゾンレッドに変身。
姫守学園の平和を守るため、敵の魔女っ娘とバトルの日々がはじまる！
次々とライカの前へ現れる新しい魔女っ娘たち。はたしてどの娘が味方で、どの娘が敵なのか!?

千年ぶりに地球へ大接近する 『マージ彗星』 が輝く空の下で今、未曾有の 『魔女っ娘☆ばとるろわいやる』 が開始される！