本作のマスコットキャラクター。名前の元ネタはNHKで放送されていた幼児向け工作番組『できるかな』のゴン太くん。

短編に数度に渡って登場し、それぞれ性質が変わっている。また、シャープペンシルの頭など、小道具としても登場することがある。アニメ版では第2作「フルメタル・パニック?ふもっふ」にのみ登場。例外として、TSR外伝「割とヒマな戦隊長の一日」でテッサのお気に入りのぬいぐるみとしてボン太くん人形が登場する（原作では犬のぬいぐるみ）。

本作の主人公である相良宗介が初めてカリーニンと会った時、唯一所有していたのがボン太くんのぬいぐるみであり、彼はこのぬいぐるみを手放そうとはしなかった。

短編「つぶらなテルモピュライ」にて語られた設定によると、元々は「ふもふも谷のボン太くん」なるTVアニメのキャラクターであった。2000年代からみても非常に高水準な作品であったが、そのクオリティが仇となって制作費とスケジュールを食いつぶし、たった8話で打ち切られてしまった幻のアニメとされている。版権を持っていた代理店も潰れ、複雑な法廷闘争の末に何故か「おおかわ豆腐店」なる豆腐屋が版権を所持することとなった。しかしながらおおかわ豆腐店の計らいで、ボン太くんに関する版権は実質的にフリーとなったため、有志による同人イベント「ふもふもマーケット」などが開催されている。このイベントにはおおかわ豆腐店の販売コーナーも設けられており、絹ごし豆腐を買っていくことが愛好家としての大きなステータスとされている。

以下に作中、実質的にキャラクターとして登場したボン太くんを記す。