由于RX-79BD-1苍蓝宿命一号机的表现令军方满意,因此联邦军乘热打铁,继续制造了搭载了EXAM系统的实验试作机二号机——RX-79BD-2苍蓝宿命二号机(Blue Destiny Unit 2)。
与一号机相比,二号机的背包换成了宇宙战式样型,头部也用了RX-79【G】陆战用先行量产型高达而非RGM-79【G】陆战用先行量产型吉姆的头部,其余则变化不大,颜色也是以蓝色为主调。
在蓝色命运一号机与吉恩军的MS-08TX(EXAM)伊夫里特改交战导致EXAM系统损坏后,加岛勇少尉回到基地领受替换的EXAM搭载机,就是这台二号机。但是伊夫里特改的机师尼姆巴斯·休塔森上尉追踪而至,击毙了克尔斯特博士并夺走了二号机。
由于这个原因,联邦军不得不临时加急赶工拼装出RX-79BD-3蓝色命运三号机,进行追击二号机的行动,最终在宇宙中,两机同归于尽。
值得一提的是,二号机被抢夺时还没有来得及加装控制EXAM系统暴走的装置。而机体的涂装也因为尼姆巴斯·休塔森的个人爱好而将双肩涂装成红色。