公元2059年，为寻找新天地而在银河中航行的第25次超长距离移民船团“Macross Frontier”与未知的敌人Vajra陷入交战状态。而在最前线与Vajra战斗的S.M.S Skull小队队长奥兹马·李，在某一天却遇见了与Vajra不同的迷之生命体。这个迷之生命体留下了某个船团的记录影像。等到看过影像之后，奥兹马、兰花、雪露他们......