太正16年、帝都東京。空中戦艦ミカサの機関部を利用し、帝都は急速な発展を遂げていた。しかしその一方、蒸気機関の暴走事件が頻発するようになる。そんな中、突然魔操機兵が出現。巴里での任務を終え、再び帝撃に戻ってきた大神は、「帝国華撃団・花組」の仲間達と共に武器を手にした。しかし、思いもかけない敵の能力に、花組は史上最大の窮地に陥る……。

絶体絶命の危機に直面し、手の施しようがない花組。そんな中、遥か異国の地フランスより、救いの天使が舞い降りた。大神が隊長を務めたフランスの都市防衛部隊、「巴里華撃団・花組」である。

「帝国華撃団」と「巴里華撃団」。2つの華撃団が力をあわせ、いよいよグランドフィナーレの幕が上がる。