カプコンのニンテンドーDS参入第1弾ソフトである。
本作はゲームボーイアドバンス(GBA)版のチーム オブ ブルース、チーム オブ カーネルの2つのバージョンを1本に収録した作品であり、ニンテンドーDSならではの新機能を多数追加された。ストーリーはGBA版の『ロックマンエグゼ5』と基本的に同じである。