ソラがキーブレードを手にすることになる約10年前
世界にはキーブレードマスターと呼ばれる人々が存在した。
強い心の持ち主だけが持つことのできるキーブレード、
そのなかでも特に優れた使い手、キーブレードマスター。
テラ、アクア、ヴェントゥスの3人はキーブレードマスターを目指し
マスター・エラクゥスのもとで日々修業にはげんでいた。
互いに励まし合い、友としての絆を育んでいた彼らの日々に、あるとき異変が起こる。
世界にあふれる異形の存在アンヴァース、
そしてキーブレードマスター、ゼアノートの失踪。
世界を守るため、師の命に応えるため、友を追うため──
それぞれの目的をもって、外の世界へ旅立つ3人。
彼らの運命は交錯しつつ、やがて大いなる災いに巻き込まれていくのであった。