人类之间的斗争已经结束，共同面向来自未来的威胁。21世纪初，人类之间的纷争终于结束，世界迎来了和平时期。在这个背景下，一个来自超古代的时间胶囊从宇宙飞驰而来。GUTS在回收这个胶囊以后得知，地球即将面临新的威胁，而能改变这一切的，只有在东北地区“迪迦之地”金字塔中沉睡的巨人。然而，突然出现的怪兽开始了破坏巨人石像的行动。大古队员为了阻止怪兽而陷入危机的时刻，他化为了一道光，进入了一个巨人石像的体内，自此迪迦奥特曼苏醒了过来 。