伊賀忍者のピュンピュン丸は凄腕の少年忍者だが、時々マヌケなことをしてずっこけるのが玉にキズ。彼を取り巻く人々も一筋縄ではいかない人物ばかりで、苦労が耐えない。

弟のチビ丸の泣き声はもの凄く、破壊力抜群だが、兄の言うことを聞かないので、もて余しぎみだし、愛しい甲賀忍者のサユリちゃんにはふられ放し。逆にピュンピュン丸にベタ惚れのケメ子にはイヤというほどつきまとわれる。

その上、ピュンピュン丸の所属するなんでもOK商事は赤字続きで、がめつい所長からは稼いで来いとのお叱りばかり。依頼される事件はと言えば、怪盗スルメイカ衛門やら、日光から来たニコニコ忍者やら、七色頭巾やらと、訳の分からない連中に絡む事件が山積み。

その上ライバルの風魔忍者たちの妨害ばかりで、もう〝キビシー!!〟の毎日。今日もまた、難問奇問の怪事件を解決するために、ドタバタずっこけの大活躍！