ある日SLマンが引く列車に乗ってピクニックに出かけたアンパンマン達。しかしばいきんまんとドキンちゃんがいわおとこを使って邪魔をしてきた。なんとか追い払ったもののその直後全員異次元空間に巻き込まれてしまう。異次元空間を抜けるとそこは恐竜の国。アンパンマン達は怪我をしていた子供の恐竜ノッシーを助けて仲良くなるのだが、実は恐竜の国は「命の木」が枯れかかっており破滅の危機に陥っているのだった。アンパンマン達とノッシーは命の木を救うことが出来る「光の玉」を探しに行くのだが、ばいきんまんの妨害にあってしまう。しかもなんとか見つけた光の玉がいわおとこの体内に入ってしまい、いわおとこは怪獣ゴロンゴラに変身してしまう。果たしてアンパンマン達はばいきんまんとゴロンゴラをやっつけて、恐竜の国を救う事が出来るのか。