西暦2000年、人類は公害を出す事の無い究極のエネルギー発生装置・G反応機関を利用した爆発的な技術進歩と調和の時代を迎えていた。

そんな折、地球首都・メトロポリタンとニューヨークをわずか1時間半で繋ぐ超弾丸列車・イナズマ号が開通式当日にナゾの光に包まれ、文字通り“消失”するという奇怪な事件が発生した。

偶然消失の場に居合わせた2人の天才少年 ― ビリー・キムラ、ペニー・カーター ―は事件を調査するうちに、世界各地で同じような事件が続発しているという事実を知る。

そして2人は国連が秘密裏に設立した地球防衛組織・迷宮機関と関わりを持ち、事件の背後に潜む、恐るべき地球外生命体の陰謀から地球を守る為に彼らの頭脳と、そこから生み出される数々の英知を駆使して戦いを挑んでいくのだった。