リブラシティの事件から2年。
行方不明となったベムたち妖怪人間の行方を探し続けていた刑事・ソニアは、目撃情報を元に「ドラコ・ケミカル」という製薬会社を訪れる。
そこで出会ったのは、逞しく成長し、たった一人で悪と戦い続けるベロ、戦いを拒み、普通の女の子としての暮らしを望むベラ、そして、ベムにそっくりな姿の"ベルム"という男だった・・・。

ベルムは、自分のことをベムと呼ぶソニアとの接触以来、毎夜、悪夢にうなされることになる。
愛する妻と子どもに囲まれた暖かい家庭。優しい街の人々とのいつもの交流。気の置けない同僚と、やりがいのある仕事。
そんな、自分にとってごく普通の、変わらないはずの日常が、音を立てて崩れ落ちていく―。
「俺は一体、誰なんだ・・・？」

彼らの運命はすれ違い、交錯し、やがて妖怪人間誕生の秘密へと繋がる。
長年抱いていた夢の答え。果たして妖怪人間が選び取った未来とは・・・！？