西暦2042年。世界を軍事力で支配しようとした闇の支配者グランドマスターが世界を支配した。グランドマスターの目的は自身が作り出した生命で地球を満たすために、「第三の月の都」を空に打ち上げ、地球上の全生物を焼き殺すことであった。
そして西暦2048年。世界を支配する冥王「グランドマスター」を討たんと、酷寒のキエフ帝都に一人の男が降り立った。
彼の名は「飛竜」。古来、歴史の裏で常に暗躍してきた戦闘・諜報のプロフェッショナル集団「ストライダーズ」に所属するエージェントであり、最年少で特A級ストライダーの資格を持つ最強の暗殺者である。
極限まで鍛え抜かれた体術と、プラズマエネルギーによってあらゆる物を切断する光剣「サイファー」を武器に、飛竜はシベリアを、アマゾンを、そして冥王の本拠地「第三の月の都」を駆け抜ける。