謎の怪奇現象がレプリロイドに起きる…。

とあるレプリロイド研究所にてそれは起こった。レプリロイド研究員が全員、機能停止しているのである。
まるで魂を吸い取られたかのように。

調査の結果、全ての行動プログラムが抹消され、レプリロイドは動くことのない冷たい鉄の塊となっていた。
シグマウィルスなど危険な要素からプログラムを守るため、強力なプロテクトがかかっているのに、それすらも跡形もなく、データというデータは全て消失している。

プログラムが消えてしまうことから、
この現象は「イレイズ」と呼ばれ、恐れられるようになった。

今度はとある孤島にて大量なイレイズが発生。
至急、調査団が島に赴くがなぜか、
過去に倒したはずのイレギュラーが大量発生している。

image イレギュラーを処分すると、新種のＤＮＡチップが発見される。
そのチップには過去のイレギュラー達のＤＮＡデータが入っていて、コレを利用して復活した可能性が高まる。

更に先日消失したハズのレプリロイドのプログラムデータが入ったチップまで発見された。何者かが、レプリロイドのＤＮＡデータを吸い出し、再生できる新チップを造り出したのだ。
このチップはデータを「イレイズ」する他に、
シグマウィルスを発生して自ら消滅する恐ろしいイレギュラー機能まで併せ持っていた。

この恐るべきチップは「ＤＮＡソウル」と呼ばれた。

エックスとゼロにこの孤島に復活したイレギュラーを処分し、ＤＮＡソウルを回収する司令が出された！