《轩辕剑肆》的时代背景设定于距今两千两百年前，刚消灭战国六雄、完成“大一统”霸业的中国秦朝。故事背景，也延续了系列第三作《轩辕剑外传～枫之舞》的若干相关设定。主角是一位墨家年轻的女弟子，她目睹墨家在秦人不断围剿下，逐渐步入没落、败亡的惨状，不禁焦心如焚。她为了打破墨家奄奄一息的灭亡命运，决心勇敢无视墨家的禁令，去私下探索过去墨家严令禁止去研究的两百年前失传古科技──“机关术”。由于机关术的研究，她慢慢又无意间接触到了另外两股更加神秘的古文明力量，亦即华夏上古时期的“云中界”力量，以及古代神秘蜀文明的超科技终极兵器“黑火”。这三股彼此互相纠结的力量，将故事慢慢引导进入力量冲突的最高潮，让人不禁要去省思：何谓力量的真谛？以及力量最后所可能带来的文明反噬。
　　
由于《轩辕剑肆》是《轩辕剑》RPG系列首度以全新“3D即时运算”的形态来呈现，配合这一次“古代超科技文明”的主题，可以预见，它势将呈现出国内RPG前所未见之中国风古代科幻兵器的视觉新震撼！究竟DOMO大胆意图同时融合古代中国色彩、以及科幻风格于一炉的设定，将会展现如何的惊人风貌、磅礴的气势呢？实在让我们不禁要充满期待了！系统方面，以前几代的“炼妖壶”为蓝本，推出新的“天书系统”，由玩家自行建设厂房、研发武器防具。另外，此次的游戏配乐也大胆借鉴了中国商周时期的“金石”雅乐。