ロックマンシリーズとしては初のRPGゲームであり、Xシリーズとしては初のアクションジャンル以外のゲーム作品となる。
アクションゲームの定番として発展してきたロックマンXシリーズであるが、突如として「アクション（ロックマンX）を、コマンド（RPG）する」を宣伝文にRPGというジャンルで鳴り入った、異色の番外編である。RPGシステム面の詳細についてはゲームシステムを参照。
従来のシリーズに登場するエックス、ゼロ、アクセルに、新キャラクターであるスパイダー、マッシモ、マリノ、シナモンを加えた7人の仲間を軸にストーリーが展開する。本作のシリーズ上での時系列について、後にプロデューサーである北林達也は電撃PlayStation誌上で公表した“こぼれ話”にて「これまでのシリーズが連載漫画なら、本作はアニメで言う劇場版」と称している。時間軸に関しては、カプコンから出版されている攻略本には「X7より数年後」と記載されているが、ストーリー上の『西暦22XX年』はシリーズ全体から見れば約100年後であり、イラストレーターもそれを認識している（後述）。
ハンターランクの最高ランクが特A級ではなく、S級になっている。エックスとアクセルもS級であるが、いつ昇級したのかは不明。本作以降、エックスの担当声優は森久保祥太郎から櫻井孝宏に変更されている。