舞台は2030年頃、日本の首都・超東驚（ちょうとうきょう）。
人間は「バディファイト」を通じ、「親近界」と呼ばれる異世界の住人たちと交流を始めていた。
バディファイトとは、選ばれた人間「バディファイター」が、異世界の住人（バディモンスター）と相棒となり繰り広げるゲームである。
その戦いは、時に国の命運を左右することもあるほど重要で、バディモンスターの力を悪用するものも現れていた。
相棒学園初等部6年、未門牙王（みかどがおう）。
彼もバディファイトに憧れ、いつかモンスターを相棒にしたいと願っていた。
ある日、不良に絡まれている少年を見かけた牙王は、正義感から得意の合気柔術で少年を助け出す。
そんな牙王の活躍を遠く異世界から眺めていたモンスターがいた。
ドラゴンワールドの英雄の息子、「ドラムバンカー・ドラゴン」だ。
ドラムは常識破りな牙王を気に入り、バディ（相棒）として契約する。
バディモンスターに選ばれた主人公がバディファイトを通じ、相棒や仲間との絆を深め、ともに成長していくストーリー。