2020年、日本。
東京湾を囲む「リングエリア」内の貧民地区に暮らす主人公・藤枝ネリ。

慎ましくも穏やかな日々を送っていたが
ある日突然、たったひとりの家族である父親が失踪してしまう。

「櫂宮学園へ行きなさい」
謎の手紙を残して。

私立櫂宮学園。
特権階級に属する良家の子女のみを集め、未来の日本を担うエリートの育成を目的として創設された、全寮制の名門校。

ネリの父の置き手紙に従い、セレブが集まる宮学園に転入することになった。
しかしそこはとてつもなく豪奢だが、絶対的階級制度に基づく、「身分差別」と支配された学園だった。

階級制度の頂点で学生を統治し、あらゆる権力を有する「女王」、
全てにおいて優位に立つ、選ばれたエリートたちが属する特権階級「咲き誇る薔薇」、
最も多くの生徒が所属する平民階級「名もなきミツバチ」、
同じ生徒でありながら、使用人同然に虐げられ使役される奴隷階級「捨て置かれた石ころ」。

そして、絶対的制度に抵抗する生徒で組織された反体制グループ「レジスランス」。

想像を絶する格差社会の中でネリが出逢う『恋』、
次第に浮かび上がる学園の『真実』とは——！？