一百年前，沙漠城市“荒漠市”因神奇宝贝们的对战而蒙受极大损害，这场对战的开端，则源自某只神奇宝贝的存在。然而这只神奇宝贝遭到某个人封印，如今荒漠市已恢复以往的宁静。

小智与皮卡丘小智一行人在旅行途中，遇见拥有“能从光环拿出所有物品”能力的幻之宝可梦—胡帕，以及照顾它的少女“梅雅利”。爱捣蛋的胡帕，以从那个神奇光环中拿出它最爱的甜甜圈，还有各种物品来吓人为乐。喜欢捣蛋又天真无邪的胡帕，还称呼小智和皮卡丘为“小知”跟“皮卡”，彻底成为好朋友的胡帕和小智等人，决定一起去旅行。

抵达荒漠市时的小智一行人，遇到梅雅利的哥哥—巴尔札。但是，巴尔札的样子似乎怪怪的，小智等人仔细一瞧，他手里所那著是据称封印了过去破坏荒漠市的神奇宝贝的“惩戒之壶”。壶里散发出一般邪恶气息，惩戒之壶的封印，在历经漫长的岁月后好像被解开了！

这时，有著想同气息的传说的宝可梦出现了！原始固拉多、原始盖欧卡、帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳，还有酋雷姆也都出现。这样下去，荒漠市会有危险。

胡帕为了保护荒漠市，用光环让全新的传说的宝可梦“降临”, 小智等人是否能和胡帕安排降临的传说的宝可梦们，共同守护荒漠市呢，而这股邪恶力量究竟为何？传说对传说，此刻，史上最壮烈的对战即将开始！