キリト・アスナ・ユイは北欧神話を礎にしたVRMMO《アルヴヘイム・オンライン》で平穏な時を過ごしていた。その時、唐突に鳴り響くアラーム音。 「本日、現時刻より緊急のメンテナンスを実施致します」 アナウンスを聞いて、いつもと違った様子でどこかへ向かうユイ。それを追うキリトとアスナは謎の黒塗りの機械人間のアバターに斬りかかられる。 「行くぞ！我が名は黒の王、《ブラック・ロータス》！！」 時を超え、加速と仮想の世界が激突する―
