慶応三年――――幕末動乱の時代。

将軍徳川慶喜による大政奉還がなされ江戸幕府が解体に追い込まれようとする中、幕府と討幕派の対立は日に日に激しくなっていた。近藤勇・土方歳三率いる新撰組は、油小路事件を経て大きな傷を負いながらも、慶喜に忠義を尽くす覚悟を決めようとしていた。

そんな中、帝による討幕の密勅が薩摩藩・長州藩に下され、次いで王政復古の大号令が発令された。朝廷により徳川幕府の終了が宣言されたのだった。これを承諾した慶喜は大阪へ下ることとなり、新撰組もまた“浪士の集団”ではなく“幕臣”として戦いに備え、伏見奉行所へ屯所を移すことになる。

新撰組隊士・市村鉄之助は、かつてより親しくしていた少女・沙夜を想いながらも、副長・土方歳三の小姓として、隊医で親友でもある山崎烝、兄の辰之助らと、新撰組として運命を共にしようとするが……。

武士になることを望み、京へと旅立った若者たちは、懐かしき故郷にその錦を飾るため、戦いへと突き進んでいく。その果てに悲しき別れが待ち受けていようとも……。