由美里率领的反NERV组织“WILLE”,来到因为“核”化完全染红的巴黎旧街市。他们从战舰AAA Wunder挑选战队,使用剩余的封印柱固定在巴黎地面。然而复原操作的时间只有720秒。生死之战进行之际,NERV的EVA在大量接近,真理的改8号机准备迎战。另外一边,真嗣、明日香、绫波零(暂称)在日本的陆地上游荡。