ラクロアの勇者 平和なスダドアカ・ワールドにMS族による世界の支配を目論む魔王サタンガンダムが現れた。魔王の脅威から世界を救うため、ラクロアの勇者・騎士ガンダムが立ち上がった。 伝説の巨人 魔王サタンガンダムを倒し、ラクロアへと凱旋した騎士ガンダム一行。しかしラクロアは新たな脅威・伝説の巨人の手によって壊滅していた。一行は伝説の巨人打倒のため再び旅立つ。 アルガス騎士団 ラクロアを離れ修行の旅に出た騎士アムロ。騎士団長を欠いて統率を失っていたアルガス騎士団の騎士団長となったアムロは、ジオン族率いるムンゾ帝国に立ち向う。 光の騎士 導きのハープの力によりスダドアカ・ワールドの裏側にあるムーア界へとやってきた騎士ガンダムとアルガス騎士団は、ジオン族の黒幕ジークジオンや復活したブラックドラゴンに最後の戦いを挑む。
