同名のSFヒーロー作品の続編。生体兵器ガイバーとなった深町晶は、謎の秘密組織クロノスと戦い続けていた。ガイバーの圧倒的な戦闘力に対抗すべく、クロノスの査察官リスカーは、第二のガイバー・ユニットを用意。自らを素体としガイバーIIを誕生させる。その戦闘力の前にさしものガイバーI＝晶も敗退。さらにこの戦いにより強殖装甲が暴走し晶は死亡してしまう。だが、強殖装甲を制御するコントロールメタルの再生機能により復活。再びガイバーIIに戦いを挑む。そして、自らの敗北の経験からガイバーIIの弱点を突こうとするが……。
