高校生・高槻涼の平穏な生活は、右腕に隠されたARMSの覚醒により崩壊する。 ARMSは金属生命体・ナノマシンの集合体。進化により形状、機能を変化させる。 また、ARMSは互いに「共振」し、存在を知る手掛かりとなる。 涼は同じようにARMSを持つ新宮隼人、巴武士と出会う。 謎の組織「エグリゴリ」に執拗に狙われる三人。 過酷な戦いの中でナノマシンは進化し続け、彼らもまた成長していく…。
