在以口袋妖怪大师为目标持续旅行的小智与伙伴们面前，一个包覆白烟的巨块从天而降。 一片白烟翻滚之中，出现的是幻之精灵·波尔凯尼恩。 无视面露忧色的小智，讨厌人类的波尔凯尼恩准备离开。 但由于下落的冲击，小智与波尔凯尼恩之间被奇妙的装置连接在一起，分也分不开了！ 被飞奔而出的波尔凯尼恩拉着走的小智，来到了各处都有巨大齿轮运转的超机关都市·阿佐特王国。 波尔凯尼恩为何从天而降？又为何前往阿佐特王国！？ 以机械架构的机关王国为舞台，口袋妖怪史上最炽热的传说开始了！
