あらゆる記憶を失って、病院で目覚めた主人公、小河原両兵。 名前すら忘れてしまった彼 は、回復させる手掛かりを求めて京都の町へたどり着き、 アンヘルと名乗る組織の少女たちに歓迎される。 ストレートに好意を寄せてくる津崎青葉。 彼を京都へ呼び寄せたがどこか遠慮がちな柊赤緒。 一人だけ敵意をむき出しにする三宮金枝。 流されるまま始まってしまった彼女たちとの共同生活。 破天荒な彼女たちに振り回されながら両兵は この生活も悪くないかと考えていたが、 鋼鉄の巨人、人機の存在が すべてをひっくり返してしまう――