東京サミット開催の地となる東京湾の新施設「エッジ・オブ・オーシャン」。サミットが開催される5日1日には、2万2千人もの警察官が出動するという超巨大施設で、ある日突如大規模爆破事件が発生！
そこには、全国の公安警察を操る警察庁の秘密組織・通称「ゼロ」に所属する安室透の影があった。サミット当日ではなく事前に起きた爆破事件と、秘密裏に動く安室の不可解な行動に違和感を禁じ得ないコナン。その時、現場の証拠物に残された指紋が、かつて警視庁に在籍していた毛利小五郎の指紋と一致してしまう！これは何かの陰謀なのか。小五郎の逮捕を巡って敵対し始めるコナンと安室。
果たして謎の存在・安室透は、敵なのか、味方なのか？
「極秘任務」のカウントダウンは、既に“その時”へと動き始めていた―。
