兵士養成学校バラムガーデンに所属する主人公スコール・レオンハートは、ガーデン所属特殊部隊SeeDの一員となる。その夜、行われた就任パーティーで、スコールは少女リノア・ハーティリーと出会う。自分の気持ちに正直に生きるリノアと行動を共にするうちに、他人と深く関わろうとすることを拒絶するスコールの心に変化が生じていく。 そして運命はスコールを、奇妙な夢に現れる男ラグナ・レウァールの人生との交錯、かつて世界中を脅威にさらした魔女との未来を懸けた戦いに巻き込んでいく。
