在宇宙中旅行回来，作修理的工作的主人公的空，在大江户万星博览会修理时被卷入麻烦。另一方面，警察厅长官松平山片栗虎为找在自己的额上写着“バカ（笨蛋）”的犯人的任务交给真选组。而真选组以博览会的警备很忙，完成松平的委托和保护空都不能顺心，于是把已失去记忆的空托付给万事屋。为了找回自己记忆的空寄居在万事屋，开始适应与歌舞伎町人们的生活……
游戏主要是沿着故事主线发展剧情，不过根据某些参数的选择也会发展出主线剧情之外的短线分支剧情。这些短线剧情是充分体现原作角色魅力的一系列小故事。游戏中还有很多富有银魂风格的小游戏。
