ソレスタルビーイングは崩壊し、世界は地球連邦を中心に統合へ向かいはじめていた。一方で、アロウズによる武力弾圧も開始されている。そんな時代。ある日突然、自分が人間ではないことに気付いた者たちがいた。彼らはイノベイド。ヴェーダの目として世界に人間として溶け込まされていた者たち。なぜ、だれによって今「覚醒」させられたのか。謎が謎を呼ぶ、新たな「ガンダム00」の物語が始まる。
