ひとりの少年が黄昏の街トライライトタウンで目覚める。
ロクサスと名付けられたその少年は、過去の記憶を全て失っていた。
黒いコートの男に導かれるまま、XIII機関の一員となったロクサスは
日々の任務をこなしながら、彼の教育係であるアクセルと交友を深めていく。
任務が終わるとトワイライトタウンの時計塔で、
夕陽を見ながら他愛もない会話を繰り返す毎日。
少しづつ機関になじみ始めた頃、XIII機関に新たな存在が加わる。
XIII機関の14番目、シオン。
彼女との出会いをきっかけに
ロクサスの運命は大きく動き始める──。
