ひとりの少年が黄昏の街トライライトタウンで目覚める。 ロクサスと名付けられたその少年は、過去の記憶を全て失っていた。 黒いコートの男に導かれるまま、XIII機関の一員となったロクサスは 日々の任務をこなしながら、彼の教育係であるアクセルと交友を深めていく。 任務が終わるとトワイライトタウンの時計塔で、 夕陽を見ながら他愛もない会話を繰り返す毎日。 少しづつ機関になじみ始めた頃、XIII機関に新たな存在が加わる。 XIII機関の14番目、シオン。 彼女との出会いをきっかけに ロクサスの運命は大きく動き始める──。
