ソラがキーブレードを手にすることになる約10年前 世界にはキーブレードマスターと呼ばれる人々が存在した。 強い心の持ち主だけが持つことのできるキーブレード、 そのなかでも特に優れた使い手、キーブレードマスター。 テラ、アクア、ヴェントゥスの3人はキーブレードマスターを目指し マスター・エラクゥスのもとで日々修業にはげんでいた。 互いに励まし合い、友としての絆を育んでいた彼らの日々に、あるとき異変が起こる。 世界にあふれる異形の存在アンヴァース、 そしてキーブレードマスター、ゼアノートの失踪。 世界を守るため、師の命に応えるため、友を追うため── それぞれの目的をもって、外の世界へ旅立つ3人。 彼らの運命は交錯しつつ、やがて大いなる災いに巻き込まれていくのであった。