田舎の小さい村で暮らす、少女・シャルロッテ。 隣の家に住む幼なじみのマッチ売りとも仲良く過ごしていたある日、突然身体がちいさくなり、おやゆびほどの大きさになってしまう。 シャルロッテはその妖精のような可愛らしい姿で、たちまち村の人気者となり、「おやゆび姫」とよばれるように。 おやゆび姫とマッチ売りが、村外れの花畑に出かけていたその日、謎の兵士たちに、村が襲われてしまう。 彼らがおやゆび姫を探していることを知ったマッチ売りは、彼女を守るため、森の奥へとにげることに。 追ってくる兵士たちを退け、大きな姿に戻る方法を探す、二人の旅が始まった。 旅の途中で出会う個性的な仲間とともに、自らの秘密を知る冒険へ——
