遥远的几十年后，过度发达的科技让地球苦不堪言。由于人类滥用地球资源进行核试验、生化试验，导致全球自然生态系统崩溃，一些长眠地下的怪兽纷纷苏醒，长相畸形、力大无穷的怪兽们是大自然的终极反扑，大肆破坏人类家园。

未来世界因为核战污染，导致人类出现了基因突变的变种人。恐怖怪兽的威胁让人类放下彼此恩怨，决心携手保卫家园。于是保卫地球免于怪兽蹂躏的办法，帅哥遍地的地球防卫军，与美女如云的M机关便因此成立，担负守卫地球与人类文明的重责大任出马对抗怪兽。

　　一年前与哥吉拉的决战，机龙受损程度37%，失去了右腕及终极武器绝对零度炮。维修组员中条义人在八王子基地负责修复机龙的工作。某日中条在他叔叔信一的别墅家度假时，婴儿岛的小美人精灵竟然出现在他们眼前。小美人给他们一个忠告：人类用哥吉拉骸骨制造出机龙是个严重的错误，如果出动机龙，哥斯拉就会变成人类的敌人。于是信一设法说服老友也是身为总理大臣的五十岚，希望能中止机龙的计划。

　　然后在一个风和日丽的日子，天空出现了巨大的不明飞行物体，原来是“X星人”。他们带来征服怪物的法宝，却把人类逐一改造。

　　人类为了击退怪兽们和外星人，只得请怪兽之王--“哥斯拉”出马，在世界范围内拯救地球！