MS-06S 夏亚专用扎古Ⅱ（Char's Zaku Ⅱ）是为素有“赤色彗星”之称的夏亚·阿兹纳布尔特别定制的MS-06S指挥官用型扎古Ⅱ。基于一周战争中的战功，夏亚获配此机体，并在鲁姆战役中击沉五艘战舰。当时，凭借涂装成红色的个人专属配色与独特机动方式，夏亚赢得了“赤色彗星”之的称号。

S型虽被普遍视为MS-06F扎古Ⅱ的衍生机型，但实际上说它是另一种机体也毫不为过。有比喻称其如同将市售车辆改装至赛车级别般经过深度调校。因此，相较于重视生产性与操作性的F型等机型，S型虽实现了大幅性能提升，却也因此成为相当难以驾驭的机体，若非能主动利用机体失衡状态作战的熟练机师便无法掌控。其被俗评为“速度可达普通扎古三倍”的卓越表现，实则完全取决于驾驶者的技术水准。