概要
核戦争後の行政再編で、2029年に内務省公安部内に設置された内閣総理大臣直轄の防諜機関。設立時における予算申請の名目が国際救助隊であったことからも、秘密組織である。その実は、少数精鋭の実力部隊を持ち、異常犯罪やサイバー犯罪などの国民に与える影響の大きな犯罪の捜査、テロリズムの抑止・検挙、暗殺などのカウンターテロと、それに伴う警備又は要人警護も担当、と総合的な防諜機関といえる。
創設者で課長の荒巻の信念である「犯罪に対して常に攻性であること」はそのまま9課の特色になっており、犯罪の芽を見つけ出し、摘んでゆく。社会正義を実現するためには武力をもってこれを成し遂げることも辞さない、まさに攻性色の強い組織である。本部は新浜県新浜市に置かれている。
イギリス陸軍の特殊部隊SAS[1]とも交流があり、原作漫画では荒巻の命令で草薙素子がSASの訓練に参加している。

設立
原作では内務省公安部にいた荒巻が策略を巡らし、政府の非合法組織を一つ潰して捻出した予算を原資に9課を立ち上げて、自分も異動し草薙のチームを吸収している。 公安部はその後も存続していて、後任の片桐のもと内務大臣の手先を勤めている模様。
『攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX』（以下S.A.C.）シリーズでは、2020年に自衛軍が国連軍の一員としてメキシコに派兵された際に、当時、自衛軍の軍人であった素子が、「赤いビアンコ」で傭兵をしていたサイトーをスカウトしている。
『攻殻機動隊 ARISE 』1 Ghost Painでは、冒頭で荒巻が「公安9課」を名乗っているが、草薙その他はまだメンバーではない。

草薙素子失踪後
原作1(『攻殻機動隊 THE GHOST IN THE SHELL』)と映画『GHOST IN THE SHELL / 攻殻機動隊』のラストで、草薙は人形遣いと融合し9課を離れてゆく。それを引き継いで、原作1.5(『攻殻機動隊1.5 HUMAN-ERROR PROCESSER』), 2(『攻殻機動隊2 MANMACHINE INTERFACE』)、『イノセンス』では草薙のいない9課が描かれている。
『攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX Solid State Society』（以下S.S.S.）でも9課の中核を担ってきた草薙が失踪しており、組織運営のあり方も、荒巻課長の方針も大幅に変化している。 少数精鋭部隊である9課も、陸自や海自、警察の特殊部隊から選抜されたより抜きの人材や、優れたハッカー、幅広い情報網を持つ情報屋、捜査一課の優秀な刑事など、有望な新人を多く採用し、「10の力で1つの事件を解決するのでなく、8割の力で3つの事件を解決できる」組織への改編を進めている。トグサをリーダーに抜擢したのもその一環である[2]。 以前はごく少人数で行っていた9課独特の制圧も、通常の特殊部隊のように重装備の課員を動員して、以前よりも大勢で行なっている[3]。

構成
この時代の犯罪の特徴である情報戦・電脳戦に精通しており、物理的な戦闘においても優れた能力を発揮する少数精鋭のスペシャリストで構成される。犯罪に対し常に攻性であり続けるため、メンバーは引抜きや推薦で採用され自薦は不可、階級無しの実力主義、組織のトップは首相のみとなっている。
課員には銃の携行や犯人の逮捕などが認められている。犯罪者や一般人には便宜上「警察官」と名乗ったり、「民間の警備会社に勤務」していると説明している。S.A.C.第5話では突入の際、居合わせた新浜県警察の刑事に対して「公安だ」と名乗っている。
課員が個人で火器を隠匿したり、セーフハウス（隠れ家）を持っているなど、給与の高さが伺える。『S.A.C.シリーズ』におけるイシカワの電脳パチンコ店のように、副業をもつ隊員もいる。
なお、荒巻以外の課員の名はあくまでコードネームであり、本名は秘匿されている。

装備
政府より多額の予算が承認されており、会議・捜査・検証用の本部施設、内偵用の車両（偽装バンなど）から、銃火器、[4]ヘリコプター、ティルトウィング機、光学迷彩[5]、さらには、AIの搭載により自ら思考・会話することもできる多脚思考戦車（シンク）「フチコマ」[6]、その運搬のための車輌まで軍隊並みの装備が与えられている。9課の制式拳銃はセブロ社[7]製M-5であるが、バトーはファブリックナショナル社製ブローニング・ハイパワー.45口径モデル、トグサはマテバM2007をそれぞれを使用している。

関連組織
劇中では他に、陸上自衛軍のレンジャー4課、海上自衛軍の海坊主、公安1課、外務省条約審議部(公安6課)、厚生労働省麻薬取締局強制介入班（マトリ）、海上保安庁の特殊警備隊（SST）[8]など、自衛軍や中央省庁に所属している特殊部隊や秘密警察、非公開組織が複数存在している。